всероссийский научно-практический журнал
  • ISSN 2072-8158
  • -
  • Роспечать: 48626
  • Пресса России: 44722

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДЕТЕКЦИЯ PSEUDOMONAS AERUGINOSA У ДАЛЬНЕВОСТОЧНЫХ АФАЛИН

Опубликовано в журнале «Вода: химия и экология» № 12 за 2016 год, стр. 36–41.
Рубрика: Гидробиология

 

Терехова В.Е. кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории морской биотехнологии, ФГБУН Научно-образовательный комплекс «Приморский океанариум» Дальневосточного отделения Российской академии наук
Белькова Н.Л. кандидат биологических наук, доцент, старший научный сотрудник отдела микробиологии ФГБУН Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Аннотация:
Представлен опыт использования полимеразной цепной реакции с видоспецифичными праймерами для детекции различных молекулярных маркеров Pseudomonas aeruginosa у дальневосточных афалин (Tursiops truncatus). Показана эффективность применения коммерческих комплектов реагентов «ДНК-экспресс-кровь-плюс», «Набор для выделения ДНК из биопроб» (ООО НПФ «Литех», Россия) и «ДНК-сорб В» (АмплиCенс®, Россия) для выделения бактериальной ДНК из образцов крови и поверхностного эпителия дельфинов. Амплификация препаратов ДНК выполнена на восьми парах видоспецифичных праймеров, наиболее часто используемых при идентификации синегнойной палочки и ее выявлении в клиническом материале. Установлено, что наилучшими мишенями для обнаружения P. aeruginosa в клинических образцах дальневосточных афалин являются видоспецифичный участок гена 16S рРНК и ген, кодирующий пептидогликан, ассоциированный с липопротеином L наружной мембраны. Показана также потенциальная возможность ПЦР-детекции синегнойной палочки в кожных соскобах дельфинов с использованием в качестве молекулярных мишеней генов, кодирующих липопротеин I наружной мембраны и цитоплазматическую функцию (ϭ-фактор).

Ключевые слова: Pseudomonas aeruginosa, Tursiops truncatus, видоспецифичные молекулярные маркеры, ПЦР-детекция

Ссылка для цитирования:
Терехова В.Е. , Белькова Н.Л. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДЕТЕКЦИЯ PSEUDOMONAS AERUGINOSA У ДАЛЬНЕВОСТОЧНЫХ АФАЛИН // Вода: химия и экология. — 2016. — № 12. — c. 36–41. — http://watchemec.ru/article/28361/

Литература:
1. Saiman L. Infection control in cystic fi brosis / L. Saiman, J.
Siegel // Clin. Microbiol. Rev. 2004. V. 17. P. 57-71.
2. Литвинов О.Б. Синегнойная палочка, выделенная от
песцов и лисиц // Кролиководство и звероводство. 1997.
№3. С. 27-28.
3. Dowling D.N. Metabolites of Pseudomonas involved in
the biocontrol of plant disease / D.N. Dowling, F. O`Gara //
Trends Biotechnol. 1994. V. 12. P. 133-141.
4. Эпидемиология и профилактика синегнойной инфек-
ции. Федеральные клинические рекомендации / Под ред.
О.Н. Егорова, Е.Б. Брусина, Е.В. Григорьева. М.: МГУ,
2014. 82 с.
5. Talbot G.H. Bad bugs need drugs: an update on the
development pipeline from the Antimicrobial Availability
Task Force of the Infectious Diseases Society of America
/ G.N. Talbot, J. Bradley, J.E. Edwards // Clin. Infect. Dis.
2006. V. 42. №5. P. 657-668.
6. McManus A.T. Twenty-fi ve year review of Pseudomonas
aeruginosa bacteremia in a burn center / A.T. McManus,
A.D. Mason Jr., W.F. McManus, B.A. Pruitt Jr. // Eur. J.
Clin. Microbiol. 1985. V. 4. Р. 219-223.
7. Aoi Y. Isolation of Pseudomonas aeruginosa from
Ushubetsu River water in Hokkaido / Y. Aoi, H. Nakata,
H. Kida // Jpn. J.Vet. Res. 2000. V. 48. Р. 29-34.
8. Kimata N. Pseudomonas aeruginosa isolated from marine
environments in Tokyo Bay / N. Kimata, T. Nishino, S.
Suzuki, K. Kogure // Microb. Ecol. 2004. V. 47. Р. 41-47.
9. Filali B.K. Waste water bacterial isolates resistant
to heavy metals and antibiotics / B.K. Filali, J. Taoufi k,
Y. Zeroual, F.Z. Dzairi, M. Talbi, M. Blaghen // Curr.
Microbiol. 2000. V. 41. Р. 151-156.
10. Hunter P.R. The microbiology of bottled natural
mineral waters // J. Appl. Bacteriol. 1993. V. 74. Р. 345-
352.
11. Dwidjosiswojo Z. Infl uence of copper ions on the
viability and cytotoxicity of Pseudomonas aeruginosa
under conditions relevant to drinking water environments
/ Z. Dwidjosiswojo, J. Richard, M.M. Moritz, E. Dopp,
H.C. Flemming, J. Wingender // Int. J. Hyg. Environ.
Health. 2011. V. 214. №6. Р. 485-492.
12. Иванова Л.В. Обоснование значимости показате-
ля Pseudomonas aeruginosa при оценке качества питье-
вой воды / Л.В. Иванова, Т.З. Артемова, Е.К. Гипп, А.В.
Загайнова, Т.Н. Максимкина, А.В. Красняк // Гигиена
и санитария. 2013. №4. С. 29-32.
13. СанПиН 2.1.5.2582-10. Санитарно-эпидемиоло-
гические требования к охране прибрежных вод морей
от загрязнения в местах водопользования населения.
2010. 20 с.
14. СанПиН 2.1.2.1188-03. Плавательные бассейны.
Гигиенические требования к устройству, эксплуатации
и качеству воды. Контроль качества. 2003. 15 с.
15. СанПиН 2.1.4.1116-02. Питьевая вода. Гигиени-
ческие требования к качеству воды, расфасованной
в емкости. Контроль качества. 2002. 40 с.
16. Vinoj G. N-hexanoyl-L-homoserine lactone-degrading
Pseudomonas aeruginosa PsDAHP1 protects zebrafi sh
against Vibrio parahaemolyticus infection / G. Vinoj, R.
Jayakumar, J.C. Chen, B. Withyachumnarnkul, S. Shanthi,
B. Vaseeharan // Fish Shellfi sh Immunol. 2015. V. 42. №1.
Р. 204-212.
17. Белькова Н.Л. Гетерогенность популяций орга-
нотрофных микроорганизмов на внешних покровах
больных рыб / Н.Л. Белькова, Н.Н. Деникина, Е.В.
Суханова, Е.В. Дзюба, В.В. Пастухов // Вода: химия
и экология. 2016. №4 (94). С. 32-39.
18. Денисенко Т.Е. Микрофлора черноморской афа-
лины (Tursiops truncatus) в различные периоды адап-
тации к условиям неволи. Автореф. дис.… канд. биол.
наук. М., 2003. 20 с.
19. Андреева Н.А. Многолетняя динамика общего со-
става и отдельных представителей микробных цено-
зов верхних дыхательных путей дельфинов афалин
(Tursiops truncatus), содержащихся с Севастопольском
Океанариуме // Ученые записки Таврического наци-
онального университета. Серия «Биология, Химия».
2010. Т. 23. №4. С. 25-33.
20. Qin X. Use of real-time PCR with multiple targets to
identify Pseudomonas aeruginosa and other nonfermenting
gram-negativ bacilli from patients with cystic fi brosis / X.
Qin, J. Emerson, J. Stapp, L. Stapp, P. Abe, J.L. Burns // J.
Clin. Microbiol. 2003. V. 41. №9. P. 4312-4317.
21. Spilker T. PCR-based assay for diff erentiation of
Pseudomonas aeruginosa from other Pseudomonas species
recovered from cystic fi brosis patients / T. Spilker, T.
Coenye, P. Vandamme, J.J. LiPuma // J. Clin. Microbiol.
2004. V. 42. №5. P. 2074-2079.
22. Lavenir R. Improved reliability of Pseudomonas
aeruginosa PCR detection by the use of the species-specifi c
ecf X gene target / R. Lavenir, D. Jocktane, F. Laurent, S.
Nazaret, B. Cournoyer // J. Microbiol. Methods. 2007. V.
70. №1. Р. 20-29.
23. Aghamollaei H. Detection of Pseudomonas aeruginosa
by a triplex polymerase chain reaction assay based on lasI/R
and gyrB genes / H. Aghamollaei, M.M. Moghaddam, H.
Kooshki, M. Heiat, R. Mirnejad, N.S. Barzi // J. Infect.
Public Health. 2015. V. 8. №4. Р. 314-322.
24. Deschaght P. Comparison of the sensitivity of culture,
PCR and quantitative real-time PCR for the detection
of Pseudomonas aeruginosa in sputum of cystic fi brosis
patients / P. Deschaght, T. De Baere, L. Van Simaey,
S. Van Daele, F. De Baets, D. De Vos, J.P. Pirnay, M.
Vaneechoutte // BMC Microbiol. 2009. V. 9. P. 244. doi:
10.1186/1471-2180-9-244.
25. Dierauf L.A. Marine mammal clinical laboratoru
medicine // CRC Handbook of marine mammal medicine
/ Eds. Dierauf, F.M.D. Gulland. Second edition. Boca
Raton, CRC Press LLC. 2001. P. 1-52.
26. Рыбничек Я. Кожные соскобы, трихоскопия, цито-
логия и гистология кожи // Vet. Pharma. 2013. №2. C.
32-40.
27. De Vos D. Direct detection and identifi cation of
Pseudomonas aeruginosa in clinical samples such as skin
biopsy specimen and expectorations by multiplex PCR
based on two outer membrane lipoprotein genes, oprI and
oprL / D. De Vos, A. Lim Jr., J. Pirnay, M. Struelens, C.
Vandenvelde, L. Duinslaeger, A. Vanderkelen, P. Cornelis
// J. Clin. Microbiol. 1997. V. 35. №6. P. 1295-1299.
28. Jaff e R.I. Real-time identifi cation of Pseudomonas
aeruginosa from clinical samples using a rapid extraction
method and polymerase chain reaction (PCR) / R.I. Jaff e,
J.D. Lane, C.W. Bates // J. Clin. Lab. Anal. 2001. V. 15.
P. 131-137.
29. Семенов В.А. Характеристика кишечной ми-
крофлоры афалин / В.А. Семенов, В.И. Терехов //
Ветеринария. 2004. №8. С. 28-30.
30. Романов В.В. Сравнительная характеристика ми-
крофлоры респираторного тракта свободноживущих
черноморских афалин (Tursiops truncatus ponticus) /
В.В. Романов, А.М. Мухля, М.М. Орлов, Л.И. Мазур,
Т.С. Попова // Межвед. сб. научных и науч.-метод. тр.
«Хищные и морские млекопитающие в искусствен-
ной среде обитания». М.: Московский зоопарк, 2006.
C. 240-246.
31. Лопухов Л.В. Полимеразная цепная реакция в кли-
нической микробиологической диагностике / Л.В.
Лопухов, М.В. Эдельштейн // Клиническая микроби-
ология и антимикробная химиотерапия. 2000. №3. C.
96-100.