всероссийский научно-практический журнал
  • ISSN 2072-8158
  • -
  • Роспечать: 48626
  • Пресса России: 44722

Методика пробоподготовки для селективной детекции живых и жизнеспособных клеток потенциальных патогенов рыб

Опубликовано в журнале «Вода: химия и экология» № 11 за 2014 год, стр. 77-82.
Рубрика: Гидробиология

 

Дзюба Е.В. кандидат биологических наук, заведующий лабораторией ихтиологии, ФГБУН Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук
Деникина Н.Н. кандидат биологических наук, доцент, старший научный сотрудник лаборатории аналитической биоорганической химии, ФГБУН Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук
Суханова Е.В. научный сотрудник отдела микробиологии, ФГБУН Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук
Белькова Н.Л. кандидат биологических наук, доцент, старший научный сотрудник отдела микробиологии ФГБУН Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук
Пастухов В.В. руководитель группы аквариумных экспозиций, Байкальский музей Иркутского научного центра Сибирского отделения Российской академии наук

Аннотация:
Апробирована методика пробоподготовки для селективной детекции живых и жизнеспособных клеток патогенных микроорганизмов. В экспериментах с чистыми культурами определяли титр клеток, оптимальный для пробоотбора с этидиум моноазидом (ЕМА), а на биологическом материале из соскобов больных рыб – концентрацию ЕМА, ингибирующую ПЦР. Показано, что эффективный суммарный титр клеток для пробоподготовки с ЕМА должен быть ниже 106 кл./мл. Обработка ЕМА клеточной суспензии нативных образцов концентрацией от 0,25 до 0,5 мкг/мл повышает чувствительность детекции микроорганизмов рода Aeromonas и Flavobacterium в мультиплексной ПЦР, в то время как более высокие значения (5 мкг/мл и выше) ингибируют ПЦР.

Ключевые слова: Abramis brama, Aeromonas, Flavobacterium, аквариумная экспозиция, моноазид этидия, селективная детекция

Ссылка для цитирования:
Дзюба Е.В. , Деникина Н.Н., Суханова Е.В., Белькова Н.Л., Пастухов В.В. Методика пробоподготовки для селективной детекции живых и жизнеспособных клеток потенциальных патогенов рыб // Вода: химия и экология. — 2014. — № 11. — c. 77-82. — http://watchemec.ru/article/27027/

Литература:
1. Суханова Е.В. Определение индикаторных микроорганизмов для мониторинга инфекционных заболеваний рыб на примере Perca fluviatilis (озеро Арахлей, Забайкальский край) / Е.В. Суханова, Е.В. Дзюба, Н.Н. Деникина, И.Е. Михеев, Е.Б. Матюгина, Н.Л. Белькова // Изв. Самарского научного центра РАН. 2010. Т. 12. № 1 (4). С. 1153-1155.
2. Дзюба Е.В. Высокочувствительная детекция возбудителей бактериального язвенного синдрома байкальского омуля Coregonus migratorius (Georgi, 1775) / Е.В. Дзюба, Н.Н. Деникина, Е.В. Суханова, М.П. Белых, И.В. Ханаев, Н.М. Пронин, Н.Л. Белькова // Изв. ИГУ Серия Биология. Экология. 2011. Т. 4. № 4. С. 46-52.
3. Дзюба Е.В. Апробация системы высокочувствительной детекции патогенных микроорганизмов в аквакультуре обыкновенного карпа Cyprinus carpio Linnaeus, 1758 / Е.В. Дзюба, Н.Н. Деникина, Ю.Л. Кондратистов, Н.Л. Белькова // Изв. Самарского научного центра РАН. 2012. Т. 14. № 1 (8). С. 1883-1886.
4. Дзюба Е.В. Разработка и апробация комплекса молекулярно-генетических систем для диагностики патогенных микроорганизмов на внешних покровах рыб / Е.В. Дзюба, Н.Н. Деникина, В.В. Пастухов, Е.В. Суханова, Н.Л. Белькова // Вода: химия и экология. 2014. Т. 2. С. 57-62.
5. Белькова Н.Л. Таксономическое разнообразие микробного сообщества водной толщи озера Байкал. Автореф. дисс. … канд. биол. наук. Владивосток: ДВГУ, 2004. 20 с.
6. Белькова Н.Л. Молекулярно-генетические методы в изучении кишечной микрофлоры лососевидных рыб озера Байкал: Проблемы и решения / Н.Л. Белькова, Е.В. Суханова, Н.Н. Деникина, О.Т. Русинек, Е.В. Дзюба // Мат. Всеросс. научной школы для молодежи «Перспективы развития инноваций в биологии». Владивосток: Дальневосточный федер. ун-т, 2010. С. 26-39. Деп. в ВИНИТИ 22.07.2010 № 473-В2010.
7. Салина Е.Г. «Некультивируемые» формы бактерий Mycobacterium smegmatis и Mycobacterium tuberculosis и их биохимическая характеристика. Автореф. дис. … канд. биол. наук. М., 2006. 26 с.
8. Novak J.S. Detection of heat injury in Listeria monocytogenes Scott A. / J.S. Novak, V.K. Juneja // J. Food Prot. 2001. V. 64. P. 1739-1743.
9. Bentsink L. Amplification of RNA by NASBA allows direct detection of viable cells of Ralstonia solanacearum in potato / L. Bentsink, G.O. Leone, J.R. van Beckhoven, H.B. van Schijndel, B. van Gemen, J.M. van der Wolf // J. Appl. Microbiol. 2002. V. 93. P. 647-655.
10. Nocker A. Selective removal of DNA from dead cells of mixed bacterial communities by use of ethidium monoazide / A. Nocker, A.K. Camper // Appl. Environ. Microbiol. 2006. V. 72. P. 1997-2004.
11. Flekna G. Insufficient differentiation of live and dead Campylobacter jejuni and Listeria monocytogenes cells by ethidium monoazide (EMA) compromises EMA/real-time PCR / G. Flekna, P. Stefanic, M. Wagner, F.J.M. Smulders, S.S. Mozina, I. Hein. // Res. Microbiol. 2007. V. 158. P. 405-412.
12. Lee J.-L. Quantification of total viable bacteria on fish fillets by using ethidium bromide monoazide real-time polymerase chain reaction / J.-L. Lee, R.E. Levin // Int. J. Food Microbiol. 2007. V. 118. P. 312-317.
13. Wagner A.O. Removal of free extracellular DNA from environmental samples by ethidium monoazide and propidium monoazide / A.O. Wagner, C. Malin, B.A. Knapp, P. Illmer // Appl. Environ. Microb. 2008. V. 74. No. 8. P. 2537-2539.
14. Lee J.-L. A comparative study of the ability of EMA and PMA to distinguish viable from heat killed mixed bacterial flora from fish fillets / J.-L. Lee, R.E. Levin // J. Microbiol. Meth. 2009. V. 76. P. 93-96.